Avogadroでプベルル酸の立体構造を粗く予測してみた

 紅麹問題で話題のプベルル酸(Puberulic acid)の立体構造については, 簡易な手法と第一原理計算, 機械学習による手法でかなりの誤差が出るという報告がTwitterに上がっていました.

そこで, 広く知られた化学計算ソフトウェアである「Avogadro」にて立体構造の予測を行ってみることにしました.

①まずは, Windows版のAvogadroをインストールします.

→https://sourceforge.net/projects/avogadro/files/latest/download

②インストールしている間に, PubChemからデータをもらってきます.

PubChemのページにアクセスし,

→https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/592860

2D Structureから「SDF」をダウンロードします(Structure2D_COMPOUND_CID_592860.sdfというファイル名で落ちてくると思います).

③先ほどダウンロードしたファイルをAvogadroに投入します.

警告画面が表示されますが気にせず「Yes」で進みます.

④テキトーな構造が表示されることを確認します.

⑤「Extensions」というところをクリックすると色んなメニューが出てくるので, とりあえず「Optimize Geometly」をクリックします.

⑥どうにもTwitterで数多くの有識者が正確な立体構造としているものとは異なる構造になりました(機械学習ソフトウェアであるMatlantisでの最適化ではほぼ完全に平面).

なんかテキトーな結果が出てきましたが, 第一原理計算の踏み台に使うくらいの気持ちでいけばよいと思いました.